1 -O HFAR é um estabelecimento hospitalar militar, que se constitui como elemento de retaguarda do sistema de saúde militar em apoio da saúde operacional, na direta dependência do Chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas (CEMGFA), e constituído pelo Polo de Lisboa (HFAR/PL) e pelo Polo do Porto (HFAR/PP).
2 -Dependem do HFAR:
a)Os Centros de Medicina Aeronáutica e Subaquática e Hiperbárica;
b)O Centro de Epidemiologia e Intervenção Preventiva (CEIP);
c)A Unidade Militar de Toxicologia (UMT);
d)A Unidade de Tratamento Intensivo de Toxicodependência e Alcoolismo (UTITA).
3 -A estrutura orgânica e a estrutura funcional dos centros e das unidades referidas no número anterior são fixadas por decreto regulamentar.