1 -O HFAR tem por missão prestar cuidados de saúde diferenciados aos militares das Forças Armadas, bem como à família militar e aos deficientes militares, podendo, na sequência de acordos que venha a celebrar, prestar cuidados de saúde a outros utentes.
2 -São atribuições do HFAR:
a)Prestar cuidados de saúde aos militares das Forças Armadas, independentemente da forma de prestação de serviço e da situação;
b)Prestar cuidados de saúde aos beneficiários da Assistência na Doença aos Militares das Forças Armadas;
c)Colaborar no aprontamento sanitário e apoio aos militares que integram as Forças Nacionais Destacadas ou outras missões fora do território nacional;
d)Colaborar na formação e treino do pessoal de saúde que integra as Forças Nacionais Destacadas e outras missões fora do território nacional;
e)Colaborar nos processos de seleção e inspeção médica dos militares das Forças Armadas;
f)Assegurar o provimento dos quadros técnicos de cuidados diferenciados em ordem de batalha, para efeitos de treino, exercícios e emprego operacional de unidades dos ramos das Forças Armadas;
g)Promover a cooperação e articulação com o Serviço Nacional de Saúde (SNS);
h)Assegurar ao pessoal de saúde as condições necessárias ao ensino, formação e treino pós-graduado e à formação em contexto de trabalho, na vertente hospitalar;
i)Apoiar ações de formação e de investigação e cooperar com instituições de ensino nestes domínios;
j)Articular com as estruturas do SNS e com as autoridades de proteção civil as modalidades de resposta às situações de acidente grave ou catástrofe;
k)Promover a cooperação com estabelecimentos de saúde de países terceiros, principalmente no espaço da Comunidade dos Países de Língua Portuguesa.
l)Assegurar o funcionamento da Junta Médica Única, que funciona na dependência direta do diretor do HFAR, destinada à avaliação clínica, à atribuição do grau de incapacidade e ao estabelecimento do nexo de causalidade com o serviço militar, nos processos de combatentes no ultramar, com vista à qualificação de deficiente das Forças Armadas, nos termos previstos no Decreto-Lei n.º 43/76, de 20 de janeiro.