Muitas destas linhas de água são permanentes, fruto dos apreciáveis índices de pluviometria anuais e humidade atlântica, assim como da razoável capacidade de armazenamento hídrico dos aquíferos locais. As bacias hidrográficas dos rios Zêzere (a sul) e Ceira, afluente do rio Mondego (a norte), são beneficiárias desta disponibilidade hídrica. De referir que os principais cursos de água que atravessam a ZEC são, mais a norte, os rios Ceira e o seu afluente Sótão e, mais a sul, as ribeiras de Alge (com seus afluentes Sobral do Chão e Porto Espinho) e Pera.