A ZEC Sicó/Alvaiázere possui uma elevada diversidade de tipos de habitat associados ao substrato calcário. Inclui as maiores e mais bem preservadas áreas do país de carvalhal de carvalho-cerquinho (Quercus faginea subsp. broteroi) (habitat 9240) e áreas notáveis de azinhais (habitat 9340pt2) em bom estado de conservação. O sobreiral (habitat 9330) também ocorre, embora de forma mais modesta, em solos descarbonatados. Abundam na ZEC os matagais tipicamente mediterrânicos do habitat 5330, incluindo o subtipo pt7, matos baixos calcários, e, em solos mais frescos, é frequente encontrar louriçais (5230). Os tipos de habitat rupestres são diversos e ricos em flora, incluindo os afloramentos colonizados por comunidades casmofíticas (habitat 8210), lajes ou lapiás calcários (8240), comunidades saxícolas de plantas suculentas (6110), para além de cascalheiras calcárias (habitat 8130). Em áreas com solos mais profundos ocorrem prados vivazes com abundância de orquídeas (habitat 6210), sendo os prados com maior área os do habitat 6220. A ZEC inclui ainda troços da rede hidrográfica do rio Nabão (habitat 3260), cujas margens são ocupadas por galerias ribeirinhas muitas vezes contínuas, ainda relativamente em bom estado de conservação, destacando-se os bosques ripícolas e pantanosos de amieiros ou salgueiros (habitat 91E0), resultando os salgueirais (do habitat 92A0) da degradação dos primeiros.