A área da ZEC Fernão Ferro/Lagoa de Albufeira e da ZPE Lagoa Pequena é caracterizada por uma rica diversidade de tipos de habitat, incluindo zonas húmidas, halófitas e dulçaquícolas, e sistemas dunares, que desempenham um papel vital na conservação da biodiversidade local. Os tipos de habitat dominantes na ZEC são as lagunas costeiras (habitat 1150), matos de dunas fixas descalcificadas atlânticas (habitat 2150), zimbrais e pinhais-bravos dunares (tipos de habitat 2250 e 2270) e prados secos do habitat 6220. Outros tipos de habitat destacam-se pela sua importância ecológica, como os diversos tipos de habitat de charcos ou lagoas (e. g. 3110, 3120, 3130, 3150, 3160 e 3170) e tipos de habitat higroturfosos litorais, como os urzais-tojais higrófilos (habitat 4020) ou as turfeiras sublitorais (7140). No que concerne à flora salientam-se diversas espécies com presença significativa na ZEC, sendo a maioria endémica da região, tais como Armeria rouyana, Euphorbia transtagana, Herniaria maritima, Jonopsidium acaule, Leuzea longifolia, Caropsis verticillato-inundata e Thymus carnosus. No que concerne à fauna (que não aves) destacam-se Mauremys leprosa e Coenagrion mercuriale.