Os alunos dos planos de estudo aprovados pela portaria n.º 32/2005, de 14 de Janeiro, retidos no 11.º ano nos anos lectivos subsequentes a 2008-2009 e no 12.º ano nos anos lectivos subsequentes a 2009-2010, podem, durante um período de transição definido pelo Colégio de São Miguel de Fátima, ser integrados nos novos planos de estudo ou concluir o seu percurso escolar no plano de estudo iniciado, de acordo com decisão das estruturas de coordenação pedagógica do estabelecimento de ensino.