No entanto, importa relevar que a área das ZEC e ZPE é maioritariamente ocupada por sistemas associados à água, com zonas húmidas, cursos de água e corpos de água, pelo que neste território grande parte das atividades económicas estão diretamente relacionadas com os recursos da Ria Formosa e do Rio Guadiana associados à água, como a pesca, a aquicultura, a salicultura ou o turismo. A pesca local, a que se exerce exclusivamente na ria ou áreas envolventes, tem pouca expressão (5 %) no total das capturas regionais podendo, no entanto, ter influência na sustentabilidade do efetivo piscícola explorado ao longo da costa. Paralelamente à pesca, desenvolve-se a mariscagem, com a apanha de amêijoa, de berbigão e de outras espécies com menor valor comercial, sem recurso a embarcações. A aquicultura desempenha um papel socioeconómico muito importante neste território, observando-se um grande desenvolvimento da cultura semi-intensiva de peixe e da cultura extensiva de bivalves, com recurso a tanques instalados em terra e viveiros localizados em zonas entre marés das rias e estuários.