A ZEC Complexo do Açor é composta por quatro áreas distintas na serra do Açor. A oeste, abrange grande parte da Paisagem Protegida da Serra do Açor (a norte) e a mata do Fajão (a sul), que incluem áreas de encostas frescas e as suas cumeadas, mais xéricas, e a leste, as cumeadas de S. Pedro do Açor (a norte) e do cabeço da Cebola (a sul). As primeiras áreas incluem sobretudo tipos de habitat de bosques caducifólios, como carvalhais (habitat 9230) e matas de castanheiros (habitat 9260), que incluem várias relíquias lauróides, que acabam por formar áreas de bosquete ou matagal arborescente relictos em mosaico (azereirais habitat 5230 nas áreas mais húmidas e margens de pequenos cursos de água mais encaixados, e azevinhal habitat 9380). Nestas áreas há também pequenos trechos de cursos de água (habitat 3260) e respetivas galerias ripícolas (amiais habitat 91E0 e salgueirais habitat 92A0), importantes para diversas espécies de fauna como Chioglossa lusitanica, Lacerta schreiberi, Euplagia quadripunctaria, Gomphus graslinii, Macromia splendens e Oxygastra curtisii. As orlas frescas dos diferentes bosques são habitat de Veronica micrantha e outras espécies protegidas e ameaçadas, incluindo espécies de fauna como Euphydryas aurinia. Nas cumeadas destacam-se tipos de habitat mais xéricos como os matos 4030 e diferentes tipos de habitat rochosos, como afloramentos quartzíticos (8220 e 8230) e cascalheiras (8130) no Fajão. Estes são os tipos de habitat mais representados nas áreas mais interiores desta ZEC, S. Pedro do Açor e Cebola, que se destacam ainda por deterem áreas de prados/matos rasteiros (habitat 6160) com Festuca summilusitana, surgindo ainda Festuca elegans. É nestas áreas abertas mais xéricas que ocorre também Narcissus asturiensis e nas áreas mais rochosas outras espécies ameaçadas e protegidas. Na área da Cebola há ainda a destacar áreas de azinhal edafoxerófilo (habitat 9340), que também é referido para o Fajão. Ao nível da fauna, além das espécies já referidas, associadas maioritariamente às zonas ripícolas e suas orlas, destaca-se a presença do morcego arborícola Myotis bechsteinii, associado aos diferentes tipos de habitat de bosque presentes na ZEC.