A ZEC Ria de Alvor desenvolve-se no troço final de vários cursos de água que se unem, já dentro dos limites da ZEC, formando uma ria, ou seja uma zona com ligação ao mar, sujeita a inundação marinha e, como tal, de águas salgadas, pouco profundas. Os cursos de água que aqui convergem são as ribeiras de Odiáxere e de Arão, no lado poente, e as ribeiras do Farelo e da Torre, no lado nascente, que se juntam formando o rio Alvor.