Compete à APEJISA:
1) Desenvolver, promover e cooperar em todas as acções conducentes ao bom funcionamento da Escola, no sentido de se obter a melhor resolução dos problemas relacionados com a instrução, a educação integral dos educandos, a criação e manutenção de instalações condignas, bem como a participação na organização de actividades de tempos livres, de acordo com a legislação em vigor;
2) Promover contactos com outras associações congéneres, no sentido de integrar a sua acção num contexto o mais amplo possível;
3) Colaborar com os alunos e seus familiares na integração efectiva na Escola e no meio social em que estão inseridos;
4) Recorrer a entidades consideradas necessárias para suporte e melhoria da sua acção, especialmente nas áreas da saúde, da prevenção e da segurança.