O Museu da Quinta de Santiago dispõe de vigilância humana no edifício e no jardim durante 24 horas por dia, através de prestação de serviços de uma empresa especializada na área da segurança.
Além disso, dispõe dos seguintes equipamentos que garantem a segurança e a integridade do edifício, dos respectivos bens culturais, de funcionários e visitantes:
Alarme, ligado a uma central 24 horas por dia;
Sensores anti-intrusão;
Detectores de fumo;
Câmaras de vigilância com registo de imagens;
Extintores.
O Museu dispõe também de um "Plano de emergência e segurança". Este é um documento confidencial e dele têm apenas conhecimento apenas os funcionários do Museu.