O Museu da Quinta de Santiago, estrutura museológica criada e tutelada pela Câmara Municipal de Matosinhos, na sequência da deliberação de 31 de Outubro de 1995, encontra-se organicamente dependente da Divisão de Promoção Cultural e Museus, criada em 2004, em resultado da reestruturação da macro estrutura da Autarquia, publicada no n.º 212 do Diário da República, 2.ª série, apêndice 113, de 8 de Setembro de 2004.
O orçamento financeiro do museu está dependente das verbas atribuídas pela Câmara Municipal de acordo com os seus orçamentos anuais.