Os instrumentos de gestão do Museu, dos quais destacamos o plano anual de actividades, o orçamento, relatório de actividades, avaliação interna e informações estatísticas sobre os visitantes e utilizadores do museu, são anualmente preparados pelo Director/Responsável Técnico do Museu, com a participação da equipa do museu, e submetido à hierarquia prevista no organigrama da Autarquia.