A estrutura do ML-A compõe-se de uma sede e de vários núcleos museológicos que são dotados de áreas de acolhimento dos visitantes, de exposição, de serviços educativos, de reservas e de serviços técnicos e administrativos.
1.º O ML-A tem sede no antigo convento de Santo António, construído no século XVIII e classificado como imóvel de interesse público.
2.º A sede do ML-A disponibiliza ao público, para além das áreas expositivas, uma cafeteria e uma loja onde serão vendidos, nomeadamente, bonecos de presépio produzidos pelos artesãos do concelho.
3.º A compra de artigos na loja do ML-A não garante a entrada nos espaços expositivos, sendo também dissociada da obrigatoriedade daquele ingresso.
4.º O ML-A dispõe de oficina de conservação na sua sede.
5.º Os núcleos museológicos de tutela camarária que constituem a estrutura do ML-A são o convento de Santo António, o núcleo museológico da Casa do Romeiro, a Casa da Cultura Carlos César, o núcleo museológico do Cabouco, e a Mercearia Central - Casa tradicional.
6.º Todos os núcleos possuem reservas cujo acesso é condicionado ao visitante comum. Esse acesso pode ser facultado a investigadores e especialistas, mediante pedido fundamentado à instituição;
7.º Também integram a estrutura da instituição, como entidades parceiras, a Coleção Visitável da Matriz de Lagoa, e os núcleos museológicos da Ribeira Chã, ambos sob alçada das respetivas paróquias, o Centro Cultural da Caloura, e a Tenda do Ferreiro Ferrador, de competência privada e o Observatório Vulcanológico e Geotérmico dos Açores, coordenado pela respetiva associação;
8.º As entidades parceiras obrigam-se a cumprir os requisitos das boas práticas museológicas, podendo beneficiar da orientação especializada, e da divulgação das suas atividades, disponibilizada pelo ML-A;
9.º O ML-A é uma estrutura dinâmica, disponível para acolher futuramente no seu seio outras entidades parceiras do concelho, cujas atividades sejam consentâneas com a sua área de ação.