O ML-A disponibiliza ao público três tipos de exposições, designadamente, exposições de longa duração, temporárias e itinerantes:
1.º O ML-A apresenta anualmente um plano de exposições que promove e divulga, o seu acervo, a investigação realizada, e ainda a sua política cultural;
2.º As exposições de longa duração, ou exposições âncora, exibem aspetos idiossincráticos da identidade local e/ou regional, bem como da expressão artística contemporânea, e estão dispersas por todo o concelho refletindo uma visão integradora da política cultural da edilidade. Alojam exposições com estas características os seguintes núcleos museológicos:
- a)O convento de Santo António onde se alojam os núcleos da Memória do Concelho e do Presépio;
- b)A Casa da Cultura que recebe a coleção de arte da Câmara Municipal de Lagoa;
- c)A Casa do Romeiro que aloja o núcleo museológico do Romeiro;
- d)O núcleo museológico do Cabouco que disponibiliza ao público a exposição da descoberta e povoamento da ilha e a memória dos antigos ofícios;
- e)A Mercearia Central - Casa Tradicional que evoca vivências comerciais e domésticas do século passado;
- f)Outros núcleos de tutela diversa da camarária, que se enquadrem no princípio.
3.º As exposições temporárias abrangem temática variada, que será integrada no plano de atividades aprovado anualmente, e exibir-se-ão nos seguintes espaços:
- a)No salão e nas galerias claustrais do piso superior do convento de Santo António;
- b)Na sala de exposições temporárias da Casa da Cultura, espaço onde assumirão, em regra, uma temática exclusivamente concelhia.