O 2.º Ciclo em Engenharia Zootécnica tem por objetivos permitir aos estudantes que, apoiados numa prévia formação de matemática, química, física e dos sistemas biológicos animais, desenvolvam capacidades avançadas de conceção, projeto, direção técnica, gestão, avaliação, formação profissional, consultoria, ensino e investigação científica nas diversas vertentes/disciplinas da produção animal eficiente e sustentável. Pretende-se uma abordagem integrada dos processos de transformação e controlo de qualidade dos produtos de origem animal. Pretendemos que estes objetivos sejam atingidos num quadro exigente de padrões éticos e de conhecimento científico atualizado e consentâneo com a qualidade exigida a um 2.º ciclo de estudos superiores universitários, dando suporte e importância à atuação profissional dos futuros Mestres numa perspetiva empresarial geradora de riqueza com o conhecimento científico e que seja racional, eficiente e sustentável na gestão dos recursos naturais.