O secretário, que reporta hierarquicamente ao director, tem as seguintes competências:
- a)Orienta e articula as actividades das Divisões de Recursos Financeiros, de Recursos Humanos, Académica e de Logística e Conservação e a Assessoria Jurídica;
- b)Informa e submete a despacho do director os assuntos relativos àqueles serviços;
- c)Distribui o pessoal não docente pelos serviços e departamentos da FCT/UNL e zela pela sua disciplina;
- d)Secretaria o conselho directivo da FCT/UNL e prepara os documentos das decisões aí tomadas, sob orientação do director.