Do quadro de referência estratégico constituído pelos inúmeros planos e programas setoriais tidos em conta no PROTRAM, destaca-se a transposição integral das indicações contidas no Programa Nacional das Políticas de Ordenamento do Território especificamente para a Região Autónoma da Madeira (RAM), a articulação com as opções do Plano de Situação do Ordenamento do Espaço Marítimo e as implicações espaciais das medidas contidas nos planos setoriais, em particular no Programa de Ordenamento Turístico, no Plano Integrado Estratégico dos Transportes, no Plano Regional da Política de Ambiente, nos Planos Regionais da Água e de Gestão da Região Hidrográfica do Arquipélago da Madeira, no Plano Regional de Ordenamento Florestal, nos Planos de Ação para a Energia Sustentável, no Plano de Política Energética da Região Autónoma da Madeira, no Plano Regional de Emergência e Proteção Civil, no Plano de Gestão de Riscos de Inundações, no Plano Estratégico de Resíduos e, ainda, nos diversos planos especiais, designadamente nos Planos de Ordenamento e Gestão dos Sítios de Importância Comunitária e da Rede Natura.