1 - O SCI considera-se estruturado em três níveis de controlo, designados de operacional, sectorial e estratégico, definidos em razão da natureza e âmbito de intervenção dos serviços que o integram.
2 - O controlo operacional consiste na verificação, acompanhamento e informação, centrado sobre decisões dos órgãos de gestão das unidades de execução de acções é constituído pelos órgãos e serviços de inspecção, auditoria ou fiscalização inseridos no âmbito da respectiva unidade.
3 - O controlo sectorial consiste na verificação, acompanhamento e informação perspectivados preferentemente sobre a avaliação do controlo operacional e sobre a adequação da inserção de cada unidade operativa e respectivo sistema de gestão, nos planos globais de cada ministério ou região, sendo exercido pelos órgãos sectoriais e regionais de controlo interno.
4 - O controlo estratégico consiste na verificação, acompanhamento e informação, perspectivados preferentemente sobre a avaliação do controlo operacional e controlo sectorial, bem como sobre a realização das metas traçadas nos instrumentos provisionais, designadamente o Programa do Governo, as Grandes Opções do Plano e o Orçamento do Estado.
5 - O controlo estratégico, de carácter horizontal relativamente a toda a administração financeira do Estado no sentido definido pelo artigo 2.º do Decreto-Lei n.º 158/96, de 3 de Setembro, é exercido pela Inspecção-Geral de Finanças (IGF), pela Direcção-Geral do Orçamento (DGO) e pelo Instituto de Gestão Financeira da Segurança Social (IGFSS), de acordo com as respectivas atribuições e competências previstas na lei.