Os organismos que asseguram os controlos de primeiro e segundo níveis serão identificados por portaria, a aprovar pelos Ministros dos Negócios Estrangeiros, da Presidência, da Defesa Nacional, da Administração Interna, das Finanças, do Equipamento Social, da Justiça, da Economia, do Planeamento, da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas, da Educação, da Saúde, do Trabalho e da Solidariedade, do Ambiente e do Ordenamento do Território, da Cultura, da Ciência e da Tecnologia, da Reforma do Estado e da Administração Pública e da Juventude e do Desporto, a publicar no prazo de 30 dias contados da data de entrada em vigor do presente diploma.
2 - A coordenação do controlo de segundo nível é da responsabilidade da Direcção-Geral do Desenvolvimento Regional, nas acções financiadas pelo Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER), do Instituto de Gestão do Fundo Social Europeu, nas acções financiadas pelo Fundo Social Europeu (FSE), e da Inspecção-Geral e Auditoria de Gestão do Ministério da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas, nas acções financiadas pelo Fundo Europeu de Orientação e Garantia Agrícola - Secção Orientação (FEOGA - O) e pelo Instrumento Financeiro de Orientação das Pescas (IFOP).
3 - As entidades envolvidas nas acções de controlo de segundo nível dotar-se-ão de estruturas organizacionais adequadas, que podem adoptar a forma de estruturas de projecto, sendo-lhes aplicável o disposto no artigo 10.º do Decreto-Lei n.º 41/84, de 3 de Fevereiro, constituídas pelos recursos necessários ao desempenho das funções previstas neste diploma, bem como das demais tarefas decorrentes das suas responsabilidades no SNC, sendo que ao exercício das respectivas funções se aplica o previsto nos n.os 2 e 3 do artigo 46.º do Decreto-Lei n.º 54-A/2000, de 7 de Abril.
4 - Em casos excepcionais e devidamente fundamentados, que visem possibilitar o cumprimento das novas exigências regulamentares em termos de controlo, nomeadamente a existência de segregações de funções, podem as entidades responsáveis pelo controlo de primeiro nível dotar-se de estruturas organizacionais nos termos do número anterior.