1 - São extintos:
a) O controlador financeiro do Ministério da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas;
b) O controlador financeiro do Ministério do Ambiente, do Ordenamento do Território e do Desenvolvimento Regional.
2 - São criados:
a) A Secretaria-Geral;
b) A Inspecção-Geral da Agricultura, do Mar, do Ambiente e do Ordenamento do Território;
c) A Direcção-Geral de Alimentação e Veterinária;
d) A Direcção-Geral de Política do Mar;
e) A Direcção-Geral de Recursos Naturais, Segurança e Serviços Marítimos;
f) A Direcção-Geral do Território;
g) O Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas, I. P.;
h) O Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P.;
i) O Instituto Português do Mar e da Atmosfera, I. P.
3 - São extintos, sendo objecto de fusão, os seguintes serviços, organismos e estruturas:
a) A Secretaria-Geral do Ministério da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas, sendo as suas atribuições no domínio da elaboração e do acompanhamento da execução do orçamento integradas no Gabinete de Planeamento e Políticas e as restantes atribuições integradas na Secretaria-Geral;
b) A Secretaria-Geral do Ministério do Ambiente, do Ordenamento do Território e do Desenvolvimento Regional, sendo as suas atribuições no domínio da elaboração e do acompanhamento da execução do orçamento integradas no Gabinete de Planeamento e Políticas e as restantes atribuições integradas na Secretaria-Geral;
c) A Inspecção-Geral do Ambiente e do Ordenamento do Território, sendo as suas atribuições integradas na Inspecção-Geral da Agricultura, do Mar, do Ambiente e do Ordenamento do Território;
d) A Inspecção-Geral da Agricultura e Pescas, sendo as suas atribuições integradas na Inspecção-Geral da Agricultura, do Mar, do Ambiente e do Ordenamento do Território;
e) O Departamento de Prospectiva e Planeamento e Relações Internacionais, sendo as suas atribuições no domínio da coordenação e do acompanhamento dos instrumentos de planeamento e do orçamento, do subsistema de avaliação do desempenho dos serviços e das relações internacionais integradas no Gabinete de Planeamento e Políticas e as restantes atribuições integradas na Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
f) A Direcção-Geral das Pescas e Aquicultura, sendo as suas atribuições no domínio das linhas de orientação estratégicas integradas na Direcção-Geral de Política do Mar e as restantes atribuições integradas na Direcção-Geral de Recursos Naturais, Segurança e Serviços Marítimos;
g) A Direcção-Geral de Veterinária, sendo as suas atribuições integradas na Direcção-Geral de Alimentação e Veterinária;
h) A Autoridade Florestal Nacional, sendo as suas atribuições integradas no Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas, I. P.;
i) A Direcção-Geral do Ordenamento do Território e Desenvolvimento Urbano, sendo as suas atribuições integradas na Direcção-Geral do Território;
j) O Instituto Geográfico Português, sendo as suas atribuições integradas na Direcção-Geral do Território;
l) O Instituto Portuário e dos Transportes Marítimos, I. P., sendo as suas atribuições no domínio:
i) Da definição de orientações estratégicas para as vertentes dos transportes marítimos, navegabilidade, segurança marítima e portuária, náutica de recreio e de ensino e formação no sector marítimo-portuário e pescas integradas na Direcção-Geral de Política do Mar;
ii) Da regulamentação, supervisão e fiscalização do sector marítimo-portuário e da náutica de recreio integradas na Direcção-Geral de Recursos Naturais, Segurança e Serviços Marítimos;
iii) Dos projectos de investigação, desenvolvimento e inovação integradas no Instituto Português do Mar e da Atmosfera, I. P.;
iv) De supervisão e regulação da actividade económica dos portos comerciais e dos transportes marítimos, bem como da navegação da via navegável do Douro, integradas no Instituto da Mobilidade e dos Transportes, I. P., do Ministério da Economia e do Emprego;
m) O Instituto da Água, I. P., sendo as suas atribuições integradas na Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
n) O Instituto da Conservação da Natureza e da Biodiversidade, I. P., sendo as atribuições integradas no Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas, I. P.;
o) O Instituto Nacional dos Recursos Biológicos, I. P., sendo as suas atribuições no domínio das pescas, aquicultura e mar integradas no Instituto Português do Mar e da Atmosfera, I. P., e as restantes atribuições integradas no Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I. P.;
p) As Administrações de Região Hidrográfica, I. P., do Norte, Centro, Tejo, Alentejo e Algarve, sendo as suas atribuições integradas na Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
q) A Comissão de Acompanhamento da Gestão de Resíduos, sendo as suas atribuições integradas na Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
r) A Comissão para as Alterações Climáticas, sendo as suas atribuições integradas na Agência Portuguesa para o Ambiente, I. P.;
s) A estrutura de projecto para o acompanhamento e monitorização dos trabalhos decorrentes do acordo de Cooperação para a Protecção das Costas e das Águas do Atlântico Nordeste (CILPAN), sendo a sua missão e objectivos integradas na Direcção-Geral de Política do Mar;
t) A Comissão de Planeamento de Emergência da Agricultura, sendo as suas atribuições integradas no Gabinete de Planeamento e Políticas;
u) A Comissão de Planeamento de Emergência do Ambiente, sendo as suas atribuições integradas na Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
v) A Comissão de Planeamento de Emergência de Transporte Marítimo, sendo as suas atribuições integradas na Direcção-Geral de Recursos Naturais, Segurança e Serviços Marítimos;
x) O Gabinete Coordenador do Programa FINISTERRA (GCPF), sendo a sua missão e objectivos integradas na Direcção-Geral do Território.
4 - São objecto de reestruturação os seguintes serviços, organismos e estruturas:
a) O Gabinete de Planeamento e Políticas, sendo as suas atribuições no domínio da normalização e segurança alimentar integradas na Direcção-Geral de Alimentação e Veterinária e as suas atribuições no domínio do ordenamento rural integradas na Direcção-Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural;
b) A Direcção-Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural, sendo as suas atribuições no domínio da fitossanidade integradas na Direcção-Geral de Alimentação e Veterinária;
c) A Agência Portuguesa do Ambiente, que passa a integrar a administração indirecta do Estado, como Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
d) A Entidade Reguladora dos Serviços de Águas e Resíduos, I. P., que passa a entidade administrativa independente;
e) O Fundo de Intervenção Ambiental, que passa a funcionar junto da Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
f) O Fundo de Protecção de Recursos Hídricos, que passa a funcionar junto da Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
g) O Fundo Florestal Permanente, que passa a funcionar junto do Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas, I. P.;
h) A Estrutura de Missão para os Assuntos do Mar, que passa a ser designada por Estrutura de Missão para a Extensão da Plataforma Continental, sendo a sua missão e objectivos no domínio da implementação e actualização da Estratégia Nacional para o Mar integradas na Direcção-Geral de Política do Mar;
i) O Programa POLIS - Programa de Requalificação Urbana e Valorização Ambiental das Cidades, que passa a funcionar junto da Direcção-Geral do Território.
5 - São ainda objecto de reestruturação os demais serviços e organismos referidos nos artigos 4.º e 5.º