1 -A autonomia é a faculdade reconhecida a cada um dos EME para tomar decisões nos domínios da organização pedagógica, da organização curricular, da gestão dos recursos humanos, da ação social escolar e da gestão estratégica.
2 -Os EME gozam de autonomia escolar nas vertentes cultural, administrativa, pedagógica e disciplinar.
3 -A autonomia cultural caracteriza-se pela capacidade de definir o seu programa de formação e de iniciativas culturais decorrentes do património e legado históricos dos EME e do seu passado secular.
4 -A autonomia administrativa caracteriza-se pela aprovação, no âmbito escolar, de regulamentos, diretivas ou determinações e pela prática de atos administrativos, nos termos previstos nos respetivos regulamentos e demais legislação aplicável.
5 -A autonomia pedagógica caracteriza-se pela capacidade de conceber e aplicar um projeto educativo que valorize uma formação de matriz militar e que adeque a ação pedagógica às circunstâncias concretas e às características dos alunos.
6 -A autonomia disciplinar caracteriza-se pela adoção de um regime disciplinar escolar próprio.
7 -A autonomia de cada um dos EME, nas suas várias vertentes, é exercida no âmbito e no respeito pelos limites estabelecidos nas orientações estratégicas ou diretrizes emanadas pela tutela e pelo CEME.
8 -Sem prejuízo do recurso a outros métodos e processos de avaliação institucional, os EME estão sujeitos ao sistema de avaliação externa das escolas promovido pelos serviços da educação e do ensino não superior, com vista à promoção da sua melhoria, eficiência e eficácia.