O gestor de garantias obedece aos seguintes princípios:
a) Prossecução do interesse público;
b) Imparcialidade e independência na sua atuação;
c) Igualdade de tratamento;
d) Promoção da concorrência entre os agentes;
e) Eficiência económica, garantindo que não são gerados custos desnecessários para o SEN;
f) Transparência das decisões, mediante a adoção de mecanismos de informação e de auditoria.