1 -O CEMA é o comandante da Marinha.
2 -O CEMA depende hierarquicamente do CEMGFA para todos os assuntos militares, é o seu principal conselheiro nos assuntos específicos da Marinha, tem a competência fixada na lei e participa, por inerência do cargo, nos órgãos de conselho nela previstos.
3 -No quadro das missões cometidas às Forças Armadas, em situações não decorrentes do estado de guerra, o CEMA integra a estrutura de comando operacional das Forças Armadas, como comandante subordinado do CEMGFA, sem prejuízo das suas competências para administrar o ramo e das matérias que dependam diretamente do Ministro da Defesa Nacional.
4 -O CEMA é responsável pelo cumprimento das missões que lhe sejam atribuídas pelo CEMGFA.
5 -O CEMA depende diretamente do CEMGFA, para além do referido no n.º 3, nos aspetos relacionados com a estratégia de defesa militar, o ensino superior militar, a saúde militar, as informações e segurança militares, a ciberdefesa, os aspetos militares do programa espacial da defesa nacional, a inovação e transformação nas Forças Armadas, e outras áreas de atividade conjunta ou integrada, bem como no que respeita ao emprego dos meios e capacidades militares.
6 -O CEMA é ainda responsável, nos termos da lei, por assegurar o funcionamento do SBSM, relacionando-se diretamente com o Ministro da Defesa Nacional para o efeito.
7 -O CEMA relaciona-se diretamente com o Ministro da Defesa Nacional nos aspetos relacionados com o funcionamento dos órgãos regulados por legislação própria, bem como para a execução de projetos no âmbito da Lei de Programação Militar e da Lei das Infraestruturas Militares e nas demais matérias administrativas e de execução orçamental que resultem da lei.
8 -O CEMA pode delegar nos titulares de órgãos que lhe estão diretamente subordinados a competência para a prática de atos relativos às áreas que lhes são funcionalmente atribuídas, bem como autorizar a subdelegação da mesma.
9 -Dos atos do CEMA não cabe recurso hierárquico.
10 -Compete ao CEMA definir a organização interna das unidades, estabelecimentos e órgãos da Marinha.
11 -O CEMA define as orientações relativas à disponibilização de pessoal e recursos materiais aos órgãos e serviços da AMN.
12 -O CEMA é, por inerência, a AMN e, nesta qualidade funcional, depende do Ministro da Defesa Nacional.
13 -O CEMA, enquanto AMN, submete à aprovação do Ministro da Defesa Nacional as propostas de acumulação dos cargos de comandante de zona marítima com chefe de departamento marítimo, no âmbito da AMN.