Constituem princípios de atuação da Escola:
a) A integração de alunos portugueses e a sua frequência por jovens são-tomenses, bem como de outras nacionalidades;
b) O funcionamento de todos os níveis de educação e de ensino, desde a educação pré-escolar até ao final do ensino secundário;
c) A obediência à orientação científica e pedagógica da responsabilidade do Estado Português;
d) A possibilidade de adaptações curriculares em algumas disciplinas de forma a contemplar a realidade local e a promover o conhecimento sobre São Tomé e Príncipe;
e) A prestação de apoio à formação de pessoal docente e não docente e à comunidade;
f) O funcionamento como centro de apoio à cooperação portuguesa nas áreas cultural, da educação e formação;
g) A racionalização de custos de forma a viabilizar a continuidade da atividade no futuro, conjugada com uma gestão que assegure o autofinanciamento da Escola.