1 -A execução do FER é objecto de um controlo de primeiro nível, da responsabilidade do gestor, a exercer directamente, respeitando o princípio de segregação de funções, ou através de auditoria por entidade externa.
2 -O controlo de primeiro nível incide sobre uma amostra representativa e compreende a verificação física e financeira dos projectos, no local da realização das actividades e junto das entidades que detêm os originais dos processos técnicos e documentos de despesa, por parte dos técnicos representantes do gestor, por este credenciados, bem como da actuação da gestão na sua relação com os projectos objecto do controlo.
3 -O controlo de segundo nível é exercido pela Inspecção-Geral da Administração Interna.
4 -O controlo de alto nível é exercido pela Inspecção-Geral de Finanças (IGF).
5 -Os técnicos que representam as entidades que exercem o controlo financeiro de segundo nível e de alto nível, quando em serviço, e sempre que seja necessário ao desempenho das suas funções, para além de outros previstos na lei, gozam dos direitos e prerrogativas seguintes:
a)Aceder aos serviços e instalações das entidades objecto de controlo;
b)Utilizar instalações adequadas ao exercício das suas funções e obter a colaboração que se mostre indispensável;
c)Corresponder-se com quaisquer entidades públicas ou privadas sobre assuntos de interesse para o exercício das suas funções ou para obtenção dos elementos que se mostrem indispensáveis.