São órgãos do ISCPSI:
a) A direcção;
b) A direcção de ensino;
c) O centro de investigação;
d) O corpo de alunos;
e) A direcção dos serviços de administração;
f) O conselho consultivo;
g) O conselho científico;
h) O conselho pedagógico;
i) O conselho de disciplina; e
j) O conselho de gestão.