Os programas que integram o Portugal 2030 têm natureza temática, regional, de assistência técnica e de cooperação territorial europeia, estruturando-se da seguinte forma:
a) Quatro programas temáticos:
i) Demografia, Qualificações e Inclusão;
ii) Inovação e Transição Digital;
iii) Ação Climática e Sustentabilidade;
iv) Mar;
b) Cinco programas regionais no continente, correspondentes ao território de cada NUTS II:
i) Norte;
ii) Centro;
iii) Lisboa;
iv) Alentejo;
v) Algarve;
c) Dois programas regionais nas Regiões Autónomas, dos Açores e da Madeira;
d) Um programa de assistência técnica;
e) Os programas do objetivo cooperação territorial europeia resultantes de processos negociais com outros Estados-Membros e aprovados pela Comissão Europeia.