Ficam sujeitos a superintendência conjunta, nomeadamente:
- a)O Instituto Hidrográfico, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro de Estado e da Defesa Nacional e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- b)O Instituto Geológico e Mineiro, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Economia e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- c)O Instituto Nacional de Engenharia e Tecnologia Industrial, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Economia e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- d)O Instituto Nacional da Propriedade Industrial, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Economia e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro Adjunto do Primeiro-Ministro;
- e)O Instituto Nacional de Investigação Agrária e das Pescas, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Agricultura, Desenvolvimento Rural e Pescas e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- f)O Laboratório Nacional de Investigação Veterinária, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Agricultura, Desenvolvimento Rural e Pescas e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- g)A Agência Nacional para os Programas Comunitários, Sócrates e Leonardo da Vinci, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Educação e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Segurança Social e do Trabalho e, quanto ao Programa ERASMUS, com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- h)O Conselho Nacional de Educação, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Educação e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- i)O Instituto Tecnológico e Nuclear, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Ciência e do Ensino Superior e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Economia;
- j)O Instituto de Genética Médica Doutor Jacinto de Magalhães, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Saúde e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- l)O Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Saúde e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
- m)A Comissão para a Igualdade no Trabalho e no Emprego, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Presidência;
- n)A Comissão Nacional de Protecção das Crianças e Jovens em Risco, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Justiça;
- o)O Instituto do Emprego e Formação Profissional, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Educação;
- p)O Instituto para a Inovação na Formação, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Educação;
- q)A Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Saúde;
- r)O Laboratório Nacional de Engenharia Civil, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro das Obras Públicas, Transportes e Habitação e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior.