São objetivos do Fundo, no quadro da proteção da segurança alimentar e da saúde do consumidor e do cumprimento das normas europeias em matéria de qualidade alimentar, nomeadamente:
- a)Financiar os custos referentes à execução dos controlos oficiais no âmbito da segurança alimentar, proteção animal e sanidade animal, proteção vegetal e fitossanidade;
- b)Apoiar a prevenção e erradicação das doenças dos animais e das plantas, bem como das infestações por parasitas, designadamente com controlos sanitários, testes e outras medidas de rastreio, compra e administração de vacinas, de medicamentos e de produtos fitofarmacêuticos, abate e destruição de animais e destruição de culturas;
- c)Apoiar a preservação do património genético ou em matéria de encefalopatias espongiformes transmissíveis;
- d)Incentivar o desenvolvimento da qualidade dos produtos agrícolas.