A organização interna da SG obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de atividade relativas a recursos humanos, financeiros, apoio jurídico e contencioso, aprovisionamento integrado e de logística, organização e qualidade, inspeção, auditoria e controlo interno, sistemas e tecnologias de informação, documentação, comunicação e arquivo, e relações públicas, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de gestão dos protocolos de prestação centralizada de serviços, bem como nas áreas de relações públicas e inovação, simplificação e desmaterialização, o modelo de estrutura matricial.