As entidades, estruturas e redes que integram o SNCTI têm por missão promover, planear e implementar a investigação fundamental e aplicada, contribuir para a afirmação da ciência, da tecnologia e da inovação como pilares estratégicos para o desenvolvimento e a competitividade de Portugal, criar talento e conhecimento, transformá-los em valor económico, social, cultural e ambiental e promover a posição de Portugal na Europa e no mundo, num contexto de desenvolvimento sustentável, inclusivo e orientado para a excelência.