1 - A IGAMAOT tem por missão avaliar o desempenho e a gestão dos serviços e organismos do Ministério do Ambiente, Ordenamento do Território e Energia (MAOTE) e do Ministério da Agricultura e do Mar (MAM), ou sujeitos à tutela dos respetivos ministros, através de ações de auditoria e controlo, bem como assegurar o permanente acompanhamento e avaliação do cumprimento da legalidade nas áreas do ambiente, do ordenamento do território e da conservação da natureza e, ainda, exercer o controlo e auditoria no âmbito da segurança alimentar e o controlo de apoios financiados por fundos nacionais e da União Europeia, a favor da agricultura, das florestas, do desenvolvimento rural e da política do mar.
2 - A IGAMAOT prossegue, designadamente, as seguintes atribuições:
a) Realizar, com caráter sistemático, auditorias, inspeções e outras ações de controlo à atividade prosseguida pelos organismos, serviços e entidades dependentes do MAOTE e do MAM, ou sujeitos à tutela dos respetivos ministros;
b) Realizar inquéritos, averiguações e outras acções que lhe sejam superiormente determinadas;
c) Exercer o controlo financeiro sectorial ao nível do MAOTE e do MAM, no quadro dos objetivos e metas anuais e plurianuais traçadas no âmbito do Sistema de Controlo Interno (SCI) da Administração Financeira do Estado;
d) Efetuar de forma sistemática o acompanhamento e avaliação do grau de implementação das recomendações formuladas aos organismos, serviços e entidades auditados no âmbito das ações levadas a cabo pela IGAMAOT;
e) Assegurar a realização de ações de auditoria administrativa e financeira, bem como de inspeção a entidades públicas e privadas em matérias de incidência ambiental, incluindo as relativas ao cumprimento das normas tributárias de taxas e contribuições ambientais, e impor as medidas que previnam ou eliminem situações de perigo grave para a saúde, segurança das pessoas, dos bens e do ambiente;
f) Proceder a ações de inspeção no âmbito do MAOTE e junto de entidades integradas na administração central e local, de modo a acompanhar e avaliar o cumprimento da legalidade no âmbito do ordenamento do território e conservação da natureza;
g) Exercer funções próprias de órgão de polícia criminal relativamente aos crimes que se relacionem com o cumprimento da sua missão em matérias de incidência ambiental, sem prejuízo das atribuições de outras entidades;
h) Instaurar, instruir e decidir processos de contra-ordenação ambiental, nos termos da lei-quadro das contra-ordenações ambientais, bem como nos demais casos previstos na lei, e levantar auto de notícia relativo às infracções legalmente definidas;
i) Coordenar a intervenção do MAM no Sistema Nacional de Auditoria do Plano Nacional de Controlo Plurianual Integrado (PNCPI), realizar as auditorias externas e avaliar as auditorias internas aos sistemas de controlo oficial implementados pelos serviços e organismos no domínio da segurança alimentar;
j) Assegurar a coordenação nacional e a execução dos controlos ex post a beneficiários dos apoios financiados pelo Fundo Europeu Agrícola de Garantia (FEAGA), bem como pelo Fundo Europeu Agrícola de Desenvolvimento Rural (FEADER);
k) Exercer as funções de serviço específico previsto no artigo 85.º do Regulamento (UE) n.º 1306/2013, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 17 de dezembro;
l) Realizar auditorias aos sistemas de gestão e controlo dos apoios concedidos e das operações financiadas pelos fundos nacionais e da União Europeia, nos setores da agricultura, do desenvolvimento rural, das florestas e do mar;
m) Proceder à instrução de processos disciplinares em serviços e organismos sujeitos à tutela do MAOTE e do MAM, quando determinado;
n) Emitir pareceres e elaborar estudos sobre matérias das suas atribuições, assim como participar na elaboração de diplomas legais;
l) Proceder à instrução de processos disciplinares em serviços e organismos sujeitos à tutela do MAMAOT, quando determinado;
m) Assegurar a representação nacional e a articulação com as demais autoridades nacionais, com a Comissão Europeia e com os Estados Membros, acompanhar as missões comunitárias, bem como estabelecer relações de cooperação externa nos seus domínios de actuação.
n) Emitir pareceres e elaborar estudos sobre matérias das suas atribuições, assim como participar na elaboração de diplomas legais;
o) Assegurar a representação nacional, incluindo a participação em grupos de trabalho ou de peritos, nacionais ou internacionais, bem como a articulação com as demais autoridades nacionais, com a Comissão Europeia e com os restantes Estados Membros da União Europeia, e estabelecer relações de cooperação externa, no âmbito das suas atribuições, em articulação, respetivamente, com a Secretaria-Geral do MAOTE ou com o Gabinete de Planeamento, Políticas e Administração Geral, sem prejuízo das competências próprias do Ministério dos Negócios Estrangeiros;
p) Assegurar o acompanhamento das missões de controlo da União Europeia, no âmbito das suas atribuições, incluindo as relativas ao Fundo Europeu Agrícola de Garantia (FEAGA), ao Fundo Europeu Agrícola de Desenvolvimento Rural (FEADER), ao Fundo Europeu dos Assuntos Marítimos e das Pescas (FEAMP) e à segurança alimentar;
q) Coordenar a representação nacional na Rede Europeia para a implementação e aplicação da legislação ambiental vigente (IMPEL - European Union Network for the Implementation and Enforcement of Environmental Law);
r) Proceder a ações de inspeção a entidades públicas e privadas de modo a acompanhar e a avaliar o cumprimento de normas de proteção radiológica e de segurança nuclear, bem como, nesse âmbito, de instaurar, instruir e decidir processos de contraordenação, nos termos da lei-quadro das contraordenações ambientais, e levantar autos de notícias relativos às restantes infrações.
s) Proceder a ações de inspeção em matérias relacionadas com navios e embarcações, sem prejuízo das atribuições de outras entidades