1 -Os departamentos de Ciências e Tecnologia, de Humanidades e Gestão e de Ciências do Mar são coordenados por docentes, nomeados e exonerados pelo Comandante da EN, de entre os docentes que desempenhem funções nos respetivos departamentos, habilitados com o grau de doutor.
2 -O Departamento Militar-Naval é coordenado pelo Comandante do Corpo de Alunos, habilitado com grau de doutor ou mestre.