O SFPM orienta-se pelos seguintes princípios:
a) «Universalidade» - a formação ministrada abrange a generalidade do pessoal da Marinha, designadamente aquela que é determinante para a sua evolução profissional;
b) «Igualdade de oportunidades» - nas condições de acesso à formação ministrada, designadamente àquela que proporciona o ingresso e evolução nas carreiras do pessoal;
c) «Continuidade» - viabiliza, na extensão possível, em equilíbrio com as necessidades da Marinha, as expectativas de formação do pessoal ao longo de toda a carreira;
d) «Utilidade funcional» - satisfaz as necessidades, quantitativas e qualitativas, da Marinha em pessoal e permite, simultaneamente, a realização das aspirações individuais de desenvolvimento socioprofissional;
e) «Multidisciplinaridade» - abrange os diferentes ramos do conhecimento e técnicas necessárias à qualificação do pessoal da Marinha;
f) «Flexibilidade» - inclui múltiplos locais de formação e envolve diversas modalidades de ensino e de formação, em diversos locais, respondendo a soluções de alternância entre o exercício profissional e as atividades de aprendizagem, valorizando a experiência profissional e o desempenho e incluindo-os no contexto da aquisição de competências;
g) «Complementaridade» - viabiliza a progressiva valorização académica e profissional e o prosseguimento de estudos;
h) «Harmonização na formação» - desenvolve cursos e outras atividades que, com respeito pelo objetivo essencial da formação militar, permitem uma aproximação aos referenciais de formação e a atividades homólogas ou afins dos sistemas nacionais de ensino e formação, na perspetiva de construção de percursos formativos certificados;
i) «Modularização e capitalização da formação» - no contexto da multidisciplinaridade, agrupa habilitações, aptidões e competências afins, com aplicabilidade nos diferentes contextos organizacionais e profissionais, numa perspetiva de aquisição de certificações com vista à obtenção de qualificações profissionais;
j) «Avaliação sistémica» - assume elevadas exigências qualitativas na prossecução das suas atividades e adota processos periódicos de avaliação, segundo indicadores adequados de desempenho, passíveis de certificação externa, de forma a viabilizar o desenvolvimento de núcleos de excelência.