A comissão científica é o órgão de apoio, com funções consultivas, para as questões culturais e científicas do PNM, sendo a seguinte a sua composição:
- a)O director do PNM, que a preside;
- b)Um representante da Secretaria Regional de Agricultura, Florestas e Pescas;
- c)Um representante da Secretaria Regional do Turismo e Cultura;
- d)Um representante da Secretaria Regional do Equipamento Social e Ambiente;
- e)Um representante da Secretaria Regional da Educação;
- f)Um representante da Universidade da Madeira;
- g)Um representante do Museu Municipal do Funchal.