A DRATM compreende os seguintes órgãos e serviços:
1) Órgãos:
- a)Director regional (DR);
- b)Conselho regional agrário (CRA);
- c)Conselho administrativo (CA);
2) Serviços de apoio técnico e administrativo:
- a)Direcção de Serviços de Administração (DSA);
- b)Direcção de Serviços de Planeamento e Política Agro-Alimentar (DSPPAA);
- c)Núcleo de Apoio Jurídico (NAJ);
3) Serviços operativos de âmbito regional:
- a)Direcção de Serviços de Agricultura (DSAgr.);
- b)Direcção de Serviços de Desenvolvimento Rural (DSDR);
- c)Direcção de Serviços de Fiscalização e Controlo da Qualidade Alimentar (DSFCQA);
- d)Direcção de Serviços das Florestas (DSF);
- e)Direcção de Serviços de Veterinária (DSV);
- f)Divisão de Controlo Fitossanitário (DCF);
- g)Núcleo Regional do Corpo Nacional da Guarda Florestal (NRCNGF);
- h)Núcleo Técnico de Licenciamento (NTL);
4) Serviços operativos de âmbito local:
Zonas agrárias.