O CCOM é dirigido pelo 2.º Comandante Operacional das Forças Armadas (2COMOP) e compreende:
- a)O Estado-Maior do Comando Conjunto para as Operações Militares (EMCCOM);
- b)O Centro de Operações Conjunto (COC);
- c)O núcleo permanente da Força de Reação Imediata (FRI);
- d)O núcleo permanente da Companhia Geral de Cooperação Civil-Militar (CGERCIMIC);
- e)O núcleo permanente do Agrupamento Logístico Conjunto (ALC);
- f)A Célula de Planeamento de Operações Especiais (CPOE);
- g)O Centro de Avaliação, Certificação e Lições Aprendidas (CACLA);
- h)A Unidade Nacional de Verificações (UNAVE);
- i)A Unidade de Apoio ao Reduto Gomes Freire (UNAPRGF);
- j)Os órgãos de apoio.