A organização interna da DGAIED obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade relativas às direcções de serviço e POLO NAMSA, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividades relativas à gestão dos projectos decorrentes da programação militar e de infra-estruturas, património e ambiente, o modelo de estrutura matricial.