Ao Departamento de Bacteriologia compete efectuar estudos no domínio das doenças bacterianas dos animais, incumbindo-lhe:
- a)Desenvolver actividades de I&D no domínio da bacteriologia relacionadas com as doenças dos animais;
- b)Efectuar provas e ensaios laboratoriais subsidiários da diagnose e profilaxia das zoonoses e de outras bacterioses dos animais;
- c)Realizar análises e ensaios relacionados com o apoio laboratorial à inspecção sanitária no âmbito das suas actividades específicas;
- d)Desenvolver normas e protocolos para uniformização de metodologias a nível nacional.