A organização interna do GEP obedece ao modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade de apoio à gestão e informação e documentação, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividade de estudos e prospectiva, estatísticas e indicadores, planeamento e avaliação, relações internacionais e cooperação, o modelo de estrutura matricial.