A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de atividade de apoio administrativo, apoio técnico-jurídico, gestão de recursos humanos, financeiros e patrimoniais, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas da modernização, da inovação e das políticas de qualidade transversais ao MAMAOT e em áreas de especial autonomia técnico-científica, o modelo de estrutura matricial, assente em equipas multidisciplinares.