Os departamentos do ISCTE-IUL atualmente existentes são os seguintes:
- a)Departamento de Antropologia;
- b)Departamento de Arquitetura e Urbanismo;
- c)Departamento de Ciência Política e Políticas Públicas;
- d)Departamento de Ciências Sociais e Empresariais;
- e)Departamento de Ciências e Tecnologias da Informação;
- f)Departamento de Contabilidade;
- g)Departamento de Economia;
- h)Departamento de Economia Política;
- i)Departamento de Finanças;
- j)Departamento de História;
- k)Departamento de Marketing, Operações e Gestão Geral;
- l)Departamento de Matemática;
- m)Departamento de Métodos de Pesquisa Social;
- n)Departamento de Métodos Quantitativos;
- o)Departamento de Psicologia;
- p)Departamento de Recursos Humanos e Comportamento Organizacional;
- q)Departamento de Sociologia;
- r)Departamento de Tecnologias Digitais.