As unidades orgânicas de ensino e investigação do Instituto Politécnico de Setúbal dispõem dos seguintes órgãos:
- a)Conselho de Representantes;
- b)Diretor;
- c)Conselho Técnico-Científico;
- d)Conselho Pedagógico;
- e)Unidades de Gestão Científico-pedagógica de cada Ciclo de Estudo;
- f)Outros, a definir nos respetivos estatutos.