A autonomia científica da ESEnfSJ envolve a capacidade para, nos termos da lei, decidir sobre:
- a)As propostas de criação, alteração, suspensão e extinção de cursos;
- b)Os planos de estudo dos cursos por si ministrados, conteúdos programáticos das disciplinas ou outras actividades;
- c)Os projectos de investigação que desenvolve;
- d)Os serviços que presta à comunidade;
- e)As demais actividades científicas e culturais que realiza;
- f)Equivalências e reconhecimentos de graus, diplomas, cursos e componentes de cursos.