1 - Considerando que o ensino superior se deve apoiar, em grande parte, na investigação levada a cabo pelos seus professores e investigadores, o IHMT opta por uma estrutura científico/pedagógica baseada em áreas científicas especializadas denominadas por Unidades de Ensino e Investigação (UEI).
2 - As UEI podem:
a) Coincidir com uma disciplina do elenco de disciplinas do IHMT;
b) Corresponder à associação de duas ou mais disciplinas do elenco de disciplinas do IHMT;
c) Resultar da divisão de uma disciplina em duas ou mais UEI;
3 - As UEI são criadas, alteradas ou extintas pelo Director, precedendo parecer do conselho científico.
4 - Com vista a assegurar o progresso da investigação, a qualidade do ensino, a prestação de serviços especializados à comunidade e a cooperação lusófona e internacional, incumbe especialmente às UEI:
a) Propor e realizar programas de formação de acordo com o artigo 5.º destes Estatutos;
b) Promover, com o apoio institucional, a formação contínua dos professores, investigadores e técnicos nelas integrados;
c) Propor ao Director a celebração de convénios e de contratos de investigação e de prestação de serviços com entidades públicas ou privadas, nacionais ou estrangeiras;
d) Contribuir para o funcionamento eficaz do IHMT, nomeadamente dando prioridade à colaboração com as UEI nele existentes em relação a ligações externas, que possam ser competitivas com o programa do IHMT.
5 - Os directores das UEI são nomeados pelo Director do IHMT, precedendo audição do conselho científico.
6 - O Director das UEI é o órgão de governo e de representação da Unidade, cabendo-lhe:
a) A gestão, a administração, a definição e a condução da política científica e pedagógica da Unidade, tendo por base a política geral do IHMT e dos seus Estatutos;
b) Preparar, para aprovação pelo Director, convénios, acordos e contratos de prestação de serviços e zelar pelo seu cumprimento;
c) Tomar, nos termos legais e dos presentes estatutos, as iniciativas conducentes ao desenvolvimento da UEI.
8 - Em casos de impedimento do Director da UEI assume as suas funções o doutorado mais antigo da categoria mais elevada que nela preste serviço.