O Diretor tem como competência, nos termos da lei geral e dos regulamentos aplicáveis, a direção, gestão e administração do CICECO, incumbindo-lhe:
Coordenar todas as atividades do CICECO;
Representar o CICECO na Universidade e fora dela, sem prejuízo das competências dos órgãos comuns da Universidade;
Velar pela observância das normas legais e regulamentares;
Manter informados, quando aplicável, os Diretores dos Departamentos a que se encontra adstrito;
Superintender a gestão administrativa, financeira e científica do CICECO, em articulação, quando aplicável, com os Diretores dos Departamentos a que se encontra adstrito;
Definir, ouvidos a Comissão Coordenadora e o Conselho Científico, as modalidades e os critérios de distribuição de verbas;
Coordenar a elaboração dos relatórios e dos planos de atividades;
Convocar e presidir às reuniões da Comissão Coordenadora, do Conselho Científico, da Comissão Externa de Aconselhamento, do Conselho dos Alunos de Doutoramento, e do Conselho de Coordenação com os Departamentos;
Validar as propostas de projetos de investigação ou de prestação de serviços elaborados no âmbito das atividades do CICECO;
Compete ao Diretor desencadear junto do Conselho Científico procedimento estabelecido no artigo 4, n.º 7.
O Diretor pode nomear até três Vice-Diretores, um por cada Departamento adstrito ao CICECO, para o coadjuvarem nas suas funções, podendo ser-lhes delegadas algumas das suas competências, designando-se este universo por Direção.
O Diretor é substituído nas suas faltas e impedimentos pelo Vice-Diretor que designar expressamente para o efeito.
O Diretor pode nomear um Assessor, que dirige os serviços de apoio do CICECO e que coadjuva diretamente o Diretor.
O Assessor é ouvido nas questões relacionadas com os serviços de apoio, designadamente quanto aos recursos humanos, sempre que o Diretor o solicite.
O cargo de Assessor, cujo regime consta do artigo 13.º do Regulamento Orgânico dos Serviços da Universidade de Aveiro, considera-se cargo de coordenação de terceiro nível, correspondente a direção intermédia de 3.º grau, regendo-se a comissão de serviço designadamente pelo Código do Trabalho e pelo Regulamento dos Dirigentes da Universidade de Aveiro.