À Direção de Investigação e Desenvolvimento (I&D) compete desempenhar funções no âmbito da gestão de projetos, no apoio às atividades de investigação científica, na prossecução das atividades de valorização do conhecimento e demais ligação ao tecido empresarial e na prestação de apoio à tomada de decisão superior, bem como divulgar a informação relevante e assegurar o reporte à Universidade de Lisboa e demais organismos oficiais.
H.1 - À Área de Inovação e Empreendedorismo compete a execução das atividades de valorização do conhecimento, promoção e operacionalização do empreendedorismo, inovação e transferência de tecnologia, gestão do Centro de Incubação Tec Labs e a dinamização das relações com o tecido empresarial, bem como a geração de indicadores de inovação.
H.1.1 - Ao Gabinete de Inovação compete a execução das atividades de valorização do conhecimento, inovação e transferência de tecnologia, bem como a geração de indicadores de inovação.
H.2 - Ao Gabinete de Apoio à Investigação compete apoiar os investigadores e as estruturas de investigação nas suas atividades, nomeadamente, assegurar o acompanhamento e descodificação das políticas públicas e de financiamento à I&D e Inovação, agilizar os processos relacionados com propriedade intelectual, e ainda, assegurar a interface com organizações em que Ciências ULisboa participa ou a que se encontra associada, contratantes e estruturas congéneres da Universidade de Lisboa, garantindo a geração dos indicadores de I&D relevantes e os respetivos fluxos de informação.
H.3 - Ao Gabinete de Gestão de Projetos compete a gestão administrativa e financeira dos projetos, ao longo do seu ciclo de vida, assegurando a prestação de contas a entidades financiadoras e o controlo orçamental de cada projeto, interagindo com a Direção de Recursos Humanos e a Direção Financeira e Patrimonial, sempre que necessário.