De acordo com o Decreto-Lei n.º 125/99, de 20 de abril, alterado pelo Decreto-Lei n.º 91/2005, de 3 de junho, que estabelece o quadro normativo aplicável às instituições que se dediquem à investigação científica e de desenvolvimento tecnológico, o CICPSI possui os seguintes órgãos:
- a)Coordenador Científico;
- b)Direção;
- c)Conselho Científico;
- d)Unidade de Acompanhamento.