A ESAE-IPP dispõe de autonomia académica, designadamente científica e pedagógica, nos termos seguintes:
1) A autonomia científica confere à ESAE-IPP a capacidade de definir, programar e executar investigação e demais atividades científicas, sem prejuízo dos critérios e procedimentos de financiamento público da investigação e das orientações emanadas pelos órgãos de governo do IPP, nomeadamente pelo Presidente e pelo Conselho Académico;
2) A autonomia pedagógica confere à ESAE-IPP a capacidade para elaborar os planos de estudos, definir o objeto das unidades curriculares, definir os métodos de ensino, afetar os recursos e escolher os processos de avaliação de conhecimentos, gozando os professores e estudantes de liberdade intelectual nos processos de ensino e de aprendizagem, sem prejuízo das orientações emanadas pelos órgãos de governo do IPP.